Pojemniki DLC, RDSF, CCF, itp. to zaszyfrowane listy linków. Poprzez używanie takich plików, bardzo wygodne jest dodawanie wielu linków naraz. Ponadto, taki zaszyfrowany pojemnik ukrywa linki przed niepożądanymi, ciekawskimi osobami. Obecnie najpopularniejsze są trzy formaty pojemników: DLC, CCF i RSDF. JDownloader obsługuje je wszystkie.

Rapidshare Downloader Format
RSDF wprowadził Schneewiesel. Pojemnik RDSF zawiera zaszyfrowaną za pomocą algorytmu AES listę linków. Oprócz uniwersalnych adresów zasobu (URL), nie można przechowywać innych informacji w takim pliku.

Cryptload Container Format
CCF jest formatem pojemnika należącym do Cryptload. CCF został stworzony, aby być wyłącznym formatem dla Cryptload. Ale odkąd CCF został również złamany, większość manadżerów pobierania ma możliwość obsługi takich plików. W pojemniku CCF są przechowywane uniwersalne adresy zasobu (URL) w formacie XML. Oprócz samych adresów URL, CCF zawiera również często hasła i komentarze. Istnieje 5 różnych wersji tego formatu.

Download Link Container
Po tym jak RSDF i CCF złamano, twórcy JD zdecydowali się na stworzenie nowego formatu pojemnika, z zamiarem dania możliwości każdemu tworzenia i odczytywania własnych DLC. Aby to zrealizować, DLC używa tak zwanego szyfrowania klient-serwer. Linki są przetwarzane lokalnie, a klucze są rozsyłane i rozszyfrowywane poprzez usługę w sieci Web. Do dnia disiejszego kod DLC nie został jeszcze złamany.